ในปี ค.ศ. 1850 มีคริสตังจีนบางครอบครัวมาทำมาหากินอยู่ที่ปากลัด และปากน้ำ คุณพ่อดานิแอล ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ได้มาเยี่ยมและประกาศพระวรสารในหมู่ชาวจีนเหล่านี้ เมื่อเห็นว่ามีผู้กลับใจพอสมควร ท่านจึงได้สร้างวัดน้อยไม้ไผ่ที่ปากลัดก่อน และตั้งใจที่จะเปิดกลุ่มคริสตังที่ปากน้ำต่อไป แต่ท่านเกิดล้มป่วยต้องกลับไปรักษาตัวที่ประเทศฝรั่งเศษเสียก่อน

ต่อมาในปี 1874 คุณพ่อซาลาแด็ง ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ได้มาเยี่ยมกลุ่มคริสตชนที่ปากลัดและปากน้ำ ที่ปากน้ำนี้เอง ท่านได้สร้างวัดน้อยด้วยไม้ไผ่แล้วส่งคุณพ่อปลัดมาแพร่ธรรมต่อ ตั้งแต่นั้นมาวัดปากน้ำก็เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์

เมื่อคุณพ่อแดซาลล์ เป็นเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ต่อจากคุณพ่อซาลาแด็งในปี 1878 ท่านก็มา เยี่ยมกลุ่มคริสตังที่ปากลัดและปากน้ำ พร้อมทั้งได้ส่งคุณพ่อ ปลัดมาดูแลโดยเฉพาะคุณพ่อยวงเฮียง แซ่ลิ้มในต้นปี 1888 คุณพ่อแดซาลล์สามารถซื้อที่ดินสำหรับสร้างวัดใหม่ เป็นที่ดินแปลงใหญ่อยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา บนที่ดินผืนนี้ท่านได้สร้างวัดไม้แทนวัดไม่ไผ่หลังเดิม แบบคล้ายๆกับวัดที่ท่านสร้างไว้ที่ปากลัดเมื่อปี 1880 นอกจากนี้ท่านยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์เป็นไม้ด้วยเช่นกัน ท่านถวายวัดนี้แด่ "อารักขเทวดา" ทำพิธีเสกในวันที่ 2 ตุลาคม 1888 โดยพระสังฆราช เวย์ (ท่านเวย์ได้บันทึกในรายงานประจำปีของคณะ M.E.P. โดยใช้คำว่า "วัดนักบุญราฟาแอล" ทั้งที่ทราบว่าคุณพ่อแดซาลล์ได้ตั้งชื่อวัดนี้ว่า "วัดอารักขเทวดา" ต่อมาปี 1897 ท่านส่งคุณพ่อยวงเฮียงไปสร้างวัดในกลุ่มใหม่ที่ลำไทร ส่วนที่ปากน้ำท่านได้ส่งคุณพ่อปลัดองค์อื่นมาดูแล แต่ที่สำคัญคือคุณพ่อริชารด์ ซึ่งเป็นปลัดช่วยดูแลวัดปากน้ำและวัดปากลัด และได้ไปเปิดวัดใหม่ที่หัวตะเข้ ในปี 1907 คุณพ่อแดซาลล์และคุณพ่อริชารด์ต้องเดินทางกลับไปประเทศฝรั่งเศสและกรุงโรม เนื่องจากพินัยกรรมของคุณพ่อแก็นตริก

ตั้งแต่ปี 1907 วัดปากน้ำไม่ได้เป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์ชั่วระยะหนึ่ง มีเจ้าอาวาสปกครองคือคุณพ่อเบเชต์ (1907-1911), คุณพ่อชันลิแอร์ (1911-1912) , คุณพ่อเอมมานูแอล (1912-1913) แล้วจึงกลับไปเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์อีกครั้งหนึ่งตั้งแต่ปี 1914 ถึงปี 1919 โดยคุณพ่อกิยูเจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ ได้ส่งปลัดมาดูแล

ในปี 1919วัดกาลหว่าร์กลับเป็นอิสระอีกครั้งโดยไม่ต้องขึ้นกับวัดกาลหว่าร์ มีเจ้าอาวาสเฉพาะคือคุณพ่อดอมินิก (1919-1928) และคุณพ่อวิกตอร์ (1928-1942)วันที่7สิงหาคม1937พระสังฆราชแปร์รอสมาเยี่ยมวัดปากน้ำ และได้เซ็นชื่อในบัญชีวัดและเปลี่ยนชื่อวัดจาก"อารักขเทวดาเป็น"อัครเทวดาราฟาแอล"

ต่อจากคุณพ่อวิกตอร์ วัดปากน้ำก็ขึ้นกับวัดกาลหว่าร์ใหม่ โดยคุณพ่อโอลลิเอร์ และคุณพ่ออาแมสตอย เจ้าอาวาสวัดกาลหว่าร์ได้ส่งปลัดมาดูแล ที่มาเป็นระยะเวลานานมี คุณพ่อศิรินทร์ (1942-1946), คุณพ่อบอนิฟาส (1946-1950) ตั้งแต่ปี 1950-1955 วัดปากน้ำมีคุณพ่อเลาแรนเตเป็นเจ้าอาวาส และในที่สุด เมื่อเดือนมีนาคม 1958 วัดปากน้ำก็พ้นจากการเป็นสาขาของวัดกาลหว่าร์โดยสิ้นเชิง ซึ่งเป็นสมัยที่คุณพ่อบัณฑิต ปรีชาวุฒิ เป็นเจ้าอาวาส (1958-1962) ท่าน ได้ขยายวัดให้กว้างกว่าเดิม พร้อมทั้งสร้างหอระฆังและได้สั่งระฆัง 3 ใบ สำหรับวัดปากน้ำและพระสังฆราชหลุยส์โชแรงได้เสกเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 1961

คุณพ่อบุญไทย สิงห์เสน่ห์(1962-1979) ท่านได้สร้างวัดใหม่คือวัดหลังปัจจุบัน เป็นตึกสวยงาม ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา ทำพิธีเสกเมื่อวันที่ 23 ตุลาคม 1979 โดยพระอัครสังฆราช มีชัยกิจบุญชู นอกจากนี้ท่านยังได้สร้างบ้านพักพระสงฆ์ใหม่เป็นตึก และโรงเรียนราฟาแอล

คุณพ่อวิจิตร ลิขิตธรรม (1979-1984)

คุณพ่อทวีศักดิ์ กิจเจริญ (1984-1989) เป็นเจ้าอาวาส คุณพ่อทั้งสองนอกจากจะเน้นเรื่องความศรัทธาแล้ว ท่านยังได้รับช่วงงานตกแต่งวัดใหม่ ให้สมบูรณ์ยิ่งขึ้น พร้อมทั้งดำเนินงานสร้างถนนคอนกรีต จากปากซอยเข้าถึงวัด

คุณพ่ออดุลย์ คูรัตน์ เป็นเจ้าอาวาส (1989-1994) ได้จัดทำเขื่อนกั้นน้ำ และจัดบริเวณหน้าวัดให้สวยงามยิ่งขึ้น ปรับปรุงบ้านซิสเตอร์ ตระเตรียมสถานที่สำหรับโครงการใหม่ของวัด และที่สำคัญที่สุดได้จัดสถานที่สำหรับสุสานของวัดเสียใหม่

คุณพ่อวิศิษฎ์ หริพงศ์ เป็นเจ้าอาวาส(1992-1998)

คุณพ่อบัญชา ศรีประมงค์ พักประจำตั้งแต่ปี ค.ศ. (1997-1998) แต่ไปทำมิสซาที่โรงเรียนเซนต์โยเซฟทิพวัลย์

คุณพ่อปิยะชาติ มะกรครรภ์ (1998 – 2002) ย้ายไปช่วยงานที่สังฆมณฑลนครสวรรค์

คุณพ่อปรีชา รุจิพงษ์ (2002 - ปัจจุบัน) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน

ผู้ช่วยเจ้าอาวาส
คุณพ่อเกรียงชัย ตรีมรรค

 

พิธีกรรม	วัน/เดือน		เวลา	ภาษา		หมายเหตุ
มิสซาเช้า (วันธรรมดา)	จันทร์-เสาร์		06.00 น.	ไทย
มิสซาเย็น (วันธรรมดา)	จันทร์-เสาร์		19.00 น.	ไทย
พิธีนพวาร (วันธรรมดา)	เสาร์		19.00 น.	ไทย
มิสซาศุกร์ต้นเดือน	ศุกร์.		19.00 น.	ไทย		ตั้งศีล 18.30 น.
พิธีแห่แม่พระ	อาทิตย์สุดท้ายของเดือน		19.00 น.
มิสซาที่ 1 (วันอาทิตย์)			06.00 น.
มิสซาที่ 2 (วันอาทิตย์)			8.30 น.
มิสซาที่ 3 (วันอาทิตย์)			19.00 น.			นพวารก่อนมิสซา
มิสซาที่ 4 (วันอาทิตย์)
มิสซาที่ 5 (วันอาทิตย์)
มิสซาที่ 6 (วันอาทิตย์)
การเดินรูป 14 ภาคในเทศกาลมหาพรต	ทุกวันอาทิตย์		8.00 น.
วันพฤหัสศักดิ์สิทธิ์			19.00 น.
วันศุกร์ศักดิ์สิทธิ์			19.00 น.
วันเสาร์ศักดิ์สิทธิ์			19.00 น.
มิสซาวันคริสตมาส (กลางคืน)	24 ธันวาคม		19.00 น.
มิสซาวันคริสตมาส (ตอนเช้า)	25 ธันวาคม		08.30 น.
มิสซาส่งท้ายปีเก่า	31 ธันวาคม		10.30 น.
มิสซาตอนรับปีใหม่			8.30 น.
ฉลองวัด	23 ตุลาคม		10.30 น.
เสกสุสาน	อ.ที่ 11 มี.ค.		17.30 น.
การเดินทาง
ทางบก		สาย			หมายเหตุ
รถโดยสารประจำทาง (สาย)
รถโดยสารปรับอากาศ (สาย)
ทางน้ำ		สาย			หมายเหตุ
เรือ (สาย)