ดี พวกเขาจึงไปเช่าร้านในตลาดบ้านนาค้าขาย ด้วยเหตุนี้เอง กลุ่มคริสตชนที่บ้านนาจึงมีจำนวนมากพอสมควร เมื่อคุณพ่อลารเกย้ายไปเป็นเจ้าอาวาสที่วัดหนองรี ในเดือนเมษายน 1945 ที่มีบ้านนามีคริสตังถึง 750 คนแล้วซึ่งมากกว่าที่หนองรี (600 คน) คุณพ่อลารเกได้มาเยี่ยมคริสตังเหล่านี้เป็นประจำทุกอาทิตย์หลังจากเสร็จพิธีมิสซาที่หนองรีแล้ว โดยใช้บ้านและร้านของพวกเขาเป็นที่ทำมิสซา จะมีก็แต่พวกคริสตังที่อยู่ใกล้เคียงเท่านั้นที่สามารถไปร่วมพิธีมิสซาได้ เพราะสถานที่คับแคบ เนื่องจาก ยังไม่มีวัดและจำนวนคริสตังก็มีมากจึงทำให้ประสบปัญหาค่อนข้างยุ่งยากมาก และการที่พวกเขาจะไปเข้าวัดที่หนองรีนั้นก็ต้องพบกับความลำบากใช่ไม่น้อย

คุณพ่อลารเกเห็นความจำเป็นที่จะต้องซื้อที่ดินสักแปลงหนึ่งเพื่อสร้างวัดแต่ท่านไม่มีทุน พอดีเวลานั้นสงครามโลกสงบลง พวกเชลยศึกในค่ายเขาชะโงก จะต้องเดินทางกลับประเทศของเขาแต่ยังมีศพเพื่อนทหารด้วยกันอีก 2ศพ พวกเขาจึงเรี่ยรายเงินกันแล้วนำมาบริจาคให้คุณพ่อลารเกเพื่อใช้ซื้อที่ดินแปลงหนึ่งสำหรับสร้างวัด และให้ย้ายศพเพื่อนของเขามาไว้ในที่ดินผืนนั้นด้วย คุณพ่อลารเกได้นำเงินจำนวนนั้นมาซื้อที่นาแปลงหนึ่งใกล้กับตลาดบ้านนา และได้บอกบุญไปยังคริสตังตามที่ต่างๆ ในเขตมิสซัง ให้ช่วยสมทบทุนเพื่อสร้างวัดด้วย ที่สุดในวันที่ 8 มีนาคม 1946 ก็ได้ลงมือก่อสร้างวัด

ต่อมาวันที่ 3 มิถุนายน 1946 คุณพ่อลารเกต้องเดินทางไปพักผ่อนที่ประเทศฝรั่งเศส เนื่องจากการที่ท่านต้องเป็นธุระจัดการเรื่องการสร้างวัดบ้านนา ทั้งวิ่งเต้นหาทุน และคุมการก่อสร้างเอง ทำให้ร่างกายเจ็บป่วย และอ่อนกำลังลง และได้มอบให้คุณพ่อเลโอนารด์ ผลสุวรรณ ปลัดวัดหนองรีเป็นผู้รับผิดชอบ การสร้างวัดบ้านนาต่อจนเสร็จ ในเดือนตุลาคม 1946 ทำพิธีเสกวันอาทิตย์ที่ 20 ตุลาคม 1946 ในวันเสกวัดนี้เองคุณพ่อเลโอนารด์ได้ทำพิธีโปรดศีลล้างบาป เป็นครั้งแรกในวัดนี้ และบัญชีศีลล้างบาปของวัดบ้านนาก็เปิดในวันนี้เช่นเดียวกัน ในปี 1947พระสังฆราชแต่งตั้งให้คุณพ่อเลโอนารด์ เป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านนาด้วย คุณพ่อเลโอนาร์ดได้สร้างพักซิสเตอร์และขอซิสเตอร์คณะพระหฤทัยฯ มาช่วยงานที่วัดบ้านนา ในปี 1952 คุณพ่อเปแร็ง เจ้าอาวาสและคุณพ่อโกเชต์พ่อปลัด ได้รื้อวัดและนำไม้มาสร้างเป็นโรงเรียน ใช้ชื่อว่า โรงเรียนมาลาสวรรค์พิทยา และใช้ห้องหนึ่งเป็นวัด ปี 1954 คุณพ่อโกเชต์ได้ซื้อที่ดินเพิ่มเพื่อขยายโรงเรียน และ เตรียมสร้างวัด

ปี 1955 คุณพ่อโกเชต์ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสแทนคุณพ่อเปแร็งซึ่งประสบอุบัติเหตุต้องกลับไปรักษาตัวที่ประเทศฝรั่งเศส คุณพ่อโกเชต์ได้สร้างหอพักนักเรียนประจำ เนื่องจากจำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ อาคารเรียนหลังใหม่ที่ใช้เป็นทั้งโรงเรียนและวัดและที่พักของพระสงฆ์ด้วยนั้น เล็กเกินไปในเวลานี้ ท่านจึงคิดที่จะสร้างวัดต่างหาก จึงได้ไปบอกบุญหาทุนช่วยสร้างวัด จนคริสตังที่กรุงเทพฯและวัดใหญ่ๆรู้จักท่านดีทุกคน ท่านต้องการสร้างวัดให้มีลักษณะแบบวัดไทย สมัยใหม่จึงต้องใช้ทุนมาก วันที่ 3 เมษายน 1960 พระสังฆราชโชแรงได้มาทำพิธีเสกศิลาฤกษ์ และเสกระฆังใบแรกของวัดซึ่งมีผู้ไม่ประสงค์ออกนามถวายให้ ในเดือนพฤศจิกายน 1962 ได้มีพิธีเสกวัดบ้านนาหลังใหม่อย่างสง่า นอกจากนี้คุณพ่อโกเชต์ยังได้ซื้อที่ดินเพิ่มอีกหลายแปลงที่บ้านนา

คุณพ่อวิศิษฏ์ หริพงศ์ (1969-1974) ไ ด้รับแต่งตั้งให้มาเป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านนาท่านได้สร้างอาคารเรียนหลังใหม่เป็นตึกใหญ่ 2 ชั้น เสร็จในปี 1969 ส่วนโรงเรียนหลังเก่าได้รื้อทิ้งและใช้ไม้มาสร้างบ้านพักพระสงฆ์ชั่วคราวและต่อมาได้สร้างใหม่อย่างถาวร ท่านได้ขุดบ่อบาดาลเพื่อให้โรงเรียนมีน้ำใช้อย่างเพียงพอ

คุณพ่อลารเกกลับมาเป็นเจ้าอาวาสอีกครั้งในปี 1975 ท่านได้ก่อตั้งคณะเยาวชนของวัดขึ้นสร้างรั้วล้อมรอบที่ดินของวัด สร้างศาลาประชาคม ซึ่งอำนวยความสะดวกให้แก่บรรดาคริสตังวัดบ้านนาเป็นอย่างมาก ปี 1982 ท่านได้รายงานต่อกระทรวงมหาดไทย เพื่อขอจดทะเบียนที่ดินของวัดบ้านนาจำนวน 25 ไร่เศษ ให้เป็นของมิสซังได้สำเร็จ เนื่องจากอาคารเรียนหลังเก่าที่ใช้เป็นอาคารเรียนสำหรับอนุบาลนั้น ชำรุดมากมายและเป็นอันตรายแก่เด็ก ปี 1983 ปลัดของคุณพ่อ ลารเกซึ่งรักษาการณ์แทนในขณะที่ท่านกลับไปพักผ่อนที่ฝรั่งเศส คือคุณพ่อไพริน เกิดสมุทร ได้สร้างอาคารอนุบาลใหม่เป็นไม้แข็งแรง หลังคาเป็นคอนกรีต ต่อมา ในปี 1984 อาคารหลังนี้ได้ถูกรื้อไป

สมัยคุณพ่อไพริน(1984-1985) เป็นเจ้าอาวาส พระคาร์ดินัลมีชัย กิจบุญชู ได้จัดบูรณะวัดบ้านนาโดยการก่อสร้างโรงเรียนอนุบาลเป็นตึก 2 ชั้นสวยงาม สร้างหอพักสำหรับนักเรียนประจำเป็นตึก 2 ชั้นเช่นกัน สร้างห้องประชุม บ้านพักพระสงฆ์ บ้านพักซิสเตอร์ ฯลฯ และจัดสร้างทางให้รถยนต์เข้าออกได้สะดวกสบาย นอกจากนี้คุณพ่อไพรินยังจัดสร้างอนุสาวรีย์นักบุญเปาโล ซึ่งทำการเสกพร้อมกับอาคารต่างๆในวันที่ 25 มกราคม1986 อันเป็นวันฉลองหิรัญสมโภชวัดหลังปัจจุบัน

คุณพ่อบรรจบ โสภณ (1986-1987) รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสได้เพียงปีเดียว ก็ต้องเข้ารับการรักษาในโรงพยาบาล

คุณพ่อธวัช พันธุมจินดา(1987) จึงได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสแทนในปี 1987 แต่ก็เป็นระยะเวลาเพียงปีเดียว

คุณพ่อบัณฑิตย์ ประจงกิจ(1988) ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสได้เข้าบริหารงานด้านโรงเรียน ส่งเสริมกิจกรรมต่างๆของวัดอย่างมีประสิทธิภาพ

คุณพ่อพจนารถ นิรมลทินวงศ์ (1994-1998) เป็นเจ้าอาวาสองค์ที่ 12 ขณะนั้นจำนวนนักเรียนยังเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ คุณพ่อจึงได้สร้างอาคารเรียนชั่วคราว ต่อจากอาคารชั่วคราวเดิมออกมาอีก 5 ห้อง เพื่อรองรับจำนวนนักเรียนพร้อมทั้งซื้อที่ดินเพิ่มอีก 6 ไร่ 20 ตารางวา และยังได้ติดตั้งพัดลมเพิ่มจาก 1 เป็น 2 ตัว ในแต่ละห้องเรียนอีกด้วย นอกจากนั้นคุณพ่อยังได้ออกเยี่ยมสัตบุรุษ จัดทะเบียนวัดใหม่ นำแม่พระออกไปสวดตามบ้านทุก ๆ วันเสาร์ พร้อมกับบรรดาสัตบุรุษ และ ยังนำสัตบุรุษเตรียมจิตใจ สำหรับการฉลองครบรอบ 50 ปีของวัดนักบุญเปาโล นำรูปนักบุญไปสวดตามบ้านเพื่อเตรียมจิตใจสัตบุรษ สร้างสวนหย่อมรอบบริเวณวัด ปรับขยายถนนและรั้วบ้านพระสงฆ์ ซิสเตอร์และเป็นแบบอย่างความศรัทธษต่อพระอีกด้วย

คุณพ่อสุรชัย กิจสวัสดิ์ (1999-2004 )

คุณพ่อศุภศิลป์ สุขสุศิลป์ ( 10 พฤษภาคม 2004 - ปัจจุบัน ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน

พิธีกรรม	วัน/เดือน		เวลา	ภาษา		หมายเหตุ
มิสซาเช้า (วันธรรมดา)	จันทร์-ศุกร์		06.30 น.	ไทย		ยกเว้นศุกร์ต้นเดือน
มิสซาเย็น (วันธรรมดา)	เสาร์		19.30 น.	ไทย
พิธีนพวาร (วันธรรมดา)
มิสซาศุกร์ต้นเดือน			19.30 น.	ไทย
พิธีแห่แม่พระ			19.30 น.	ไทย
มิสซาที่ 1 (วันอาทิตย์)			09.30 น.	ไทย
มิสซาที่ 2 (วันอาทิตย์)
มิสซาที่ 3 (วันอาทิตย์)
มิสซาที่ 4 (วันอาทิตย์)
มิสซาที่ 5 (วันอาทิตย์)
มิสซาที่ 6 (วันอาทิตย์)
การเดินรูป 14 ภาคในเทศกาลมหาพรต			10.30 น.	ไทย		หลังมิสซา
วันพฤหัสศักดิ์สิทธิ์			19.30 น.	ไทย
วันศุกร์ศักดิ์สิทธิ์			19.30 น.	ไทย		เดินรูป 15.00 น.
วันเสาร์ศักดิ์สิทธิ์			19.30น.	ไทย
มิสซาวันคริสตมาส (กลางคืน)	24 ธันวาคม		22.00 น.	ไทย
มิสซาวันคริสตมาส (ตอนเช้า)	25 ธันวาคม		09.30 น.	ไทย
มิสซาส่งท้ายปีเก่า	31 ธันวาคม		19.30 น.	ไทย
มิสซาตอนรับปีใหม่	1 มกราคม		09.30 น.	ไทย
ฉลองวัด
การเดินทาง
ทางบก		สาย			หมายเหตุ
รถโดยสารประจำทาง (สาย)		รถตู้อนุสาวรีย์ - บ้านนา, ฟิวเจอร์รังสิต - บ้านนา			ถนนสายรังสิต - นครนายก
รถโดยสารปรับอากาศ (สาย)
ทางน้ำ		สาย			หมายเหตุ
เรือ (สาย)